В целях укрепления конституционного строя и суверенитета ССР Молдова, прав, свобод и безопасности граждан, улучшения взаимодействия высших органов государственной власти и управления Верховный Совет ССР Молдова Законом № 250-XII от 3 сентября 1990 года учредил пост Президента Советской Социалистической Республики Молдова.
Согласно этому закону Президент ССР Молдова - глава государства избирался гражданами республики на основе всеобщего, равного и прямого избирательного права при свободном и тайном голосовании сроком на пять лет.
При Президенте ССР Молдова действовал Президентский совет, задачей которого являлась разработка мер по реализации основных направлений внутренней и внешней политики государства. Президент республики здавал указы, обязательные для исполнения на всей территории республики.
Постановлением Верховного Совета ССР Молдова № 251-XII от 3 сентября 1990 года Президентом ССР Молдова был избран господин Мирча Снегур.
23 мая 1991 года государство ССР Молдова было переименовано в Республику Молдова (Закон Верховного Совета ССР Молдова № 589-XII от 23 мая 1991 года).
На основании Конституции Республики Молдова Парламент назначил выборы Президента на 8 декабря 1991 года (Постановление Парламента Республики Молдова № 722-XII от 19 сентября 1991 года). Президентом Республики Молдова был избран господин Мирча Снегур.
29 июля 1994 года была принята новая Конституция Республики Молдова (вступила в силу 27 августа 1994 года, а Конституция от 15 апреля 1978 года с последующими изменениями и дополнениями была признана утратившей силу).
В январе 1997 года согласно статье 80 Конституции Президентом Республики Молдова на четырехлетний срок был избран господин Петру Лучински.
Законом № 1115-XV от 5 июля 2000 года в Конституцию были внесены изменения, согласно которым Президент республики избирается Парламентом тайным голосованием.
4 апреля 2001 года Постановлением Парламента Республики Молдова № 24-XV было подтверждено избрание господина Владимира Воронина Президентом Республики Молдова.
4 апреля 2005 года Владимир Воронин был переизбран Парламентом на пост президента Республики Молдова.
С 11 сентября 2009 года, после ухода в отставку президента Владимира Воронина, временное исполнение обязанностей президента Республики Молдова было возложено на председателя Парламента Республики Молдова Михая Гимпу. Большинством голосов депутатов должность президента Республики Молдова была объявлена вакантной. В соответствии со статьей 91 Конституции Республики Молдова, предусматривающей, что «временное исполнение обязанностей президента возлагается на председателя Парламента», Михай Гимпу стал временно исполняющим обязанности президента Республики Молдова до избрания Парламентом нового президента страны.
30 декабря 2010 года председателем Парламента был избран Мариан Лупу, на которого было возложено и временное исполнение обязанностей президента Республики Молдова.
Четвертым президентом Республики Молдова является Николае Тимофти, который был избран Парламентом 16 марта 2012 года. Глава государства принес присягу 23 марта 2012 года.